三本大学改制后，其称呼主要取决于学校的性质和所在省市的招生政策。以下是几种可能的情况：
转为民办二本：
部分三本学院在改制后，由于师资力量和背景较强，可能会成为独立公办二本院校。但这种情况并不普遍，大部分三本学院仍然保留了民办性质，并转变为民办二本。
仍为民办三本：
有些三本学院可能因为各种原因，如地理位置、教育资源等，未能成功升级为公办二本，因此仍然保留民办三本的性质。
合并到二本批次：
为了配合国家考试招生改革的总体设想，部分省市已经将本科二批和本科三批合并为本科二批。在这种情况下，原来的三本大学在招生时，会被纳入二本批次，但学校性质和名称通常不会改变，仍然是三本大学。
称为二本高校：
虽然二三本合并后，原三本高校在招生时会被纳入二本批次，但它们在官方和社会上可能仍然被称为三本高校。这种称呼可能会在一些场合下使用，尤其是在一些非官方的表述中。
综上所述，三本大学改制后的称呼主要取决于学校的性质和所在省市的招生政策。大部分情况下，三本学院会转变为民办二本，但也有部分学院可能仍然保留民办三本或合并到二本批次。因此，三本大学改制后可能被称为三本或二本，具体称呼需根据学校和地区的实际情况而定。