国内三本大学的学生申请日本留学，可以参考以下步骤和建议：
选校和专业
选择学校：选择在日本教育部认证的大学，并关注是否有适合的专业。
专业选择：选择与自己专业相近或具有跨学科性的专业，并了解申请该专业所需的能力和背景。
语言水平
日语能力：日本院校通常要求通过日本语言能力测试（JLPT），建议至少N2及以上。
英语能力：部分课程可能需要托福或雅思成绩。
文书准备
推荐信：从老师或导师处获取，重点介绍学习状况和实践经历。
成绩单：提供个人学科绩点、总绩点以及语言测试成绩。
研究计划书：展示学术潜力，对日语、英语、在校成绩和研究计划书要求较高。
申请材料递交
材料准备：在学校官网上递交申请材料，或通过国际快递、邮寄等方式。
留学方式
语言学校途径：在国内选择日本的语言学校，学习1~2年日语后，通过日本留学考试及入学考试进入大学。
直接申请大学：关注官网信息，联系教授，准备自我介绍、研究计划书等。
研究生预科：先跟教授读研究生，然后参加考试升为院生。
注意事项
出身校：三本院校背景不是主要障碍，关键是要展示自己的学术能力和学习态度。
GPA：提高GPA以展示学术能力，专业课程成绩也非常重要。
研究计划书：扎实的专业课水平会为申请加分。
成功案例
有三本院校学生成功申请到日本顶尖国立大学读研，如北海道大学。
结论
尽管三本院校背景可能不是申请日本留学的唯一考虑因素，但通过合理的选校、准备充分的文书、提高语言能力以及选择合适的留学路径，三本学生同样有机会申请成功并实现留学梦想。