民办大学控制成本的方法主要包括以下几个方面：
优化组织结构：
通过优化学校的组织结构，减少管理层级和人员数量，提高工作效率，从而降低人力成本。
建立激励制度：
通过设立激励机制，鼓励教职工提高工作效率，减少浪费，提高资源使用效率。
监督机制：
建立有效的监督机制，对学校的各项开支进行严格监控，确保资金使用的合理性和有效性。
伙食费专款专用：
学校收取的伙食费仅限于食堂运营直接相关的支出，如食材采购、厨房员工工资、食堂办公费、水电费、餐具购置、小的维护维修等，不包括食堂房屋建筑物及大型设施设备折旧。
非营利原则：
民办学校食堂在运营过程中应遵循非营利原则，如有少量结余结转到下一年继续使用。
成本控制：
有的省规定直接成本原则上不得低于伙食费标准的75%；有的地方规定食材成本占比应不低于60%。
独立计量和结算：
食堂消耗的水、电、燃料等应独立计量，单独结算，以确保成本的准确性。
降低缴费基数：
根据相关法律规定，找出不列入缴费基数的项目，从而降低社保缴费基数。
合理利用税收政策：
例如，将工资薪金转化为劳务报酬收入、稿酬、特许权使用费、财产租赁收入等，以及利用股权激励递延纳税优惠。
年终奖金筹划：
根据国务院最新规定，全年一次性奖金不并入当月工资薪金所得，实施按月单独计税的政策，以减少税负。
通过以上措施，民办大学可以有效控制成本，提高教育资源的使用效率，确保学校的可持续发展。