河南商丘确实有三本大学，具体如下：
商丘学院：
商丘学院是一所三本大学，成立于2005年，是河南农业大学独立学院华豫学院，2011年修转为商丘学院。学院有两个校区，一个在开封，一个在商丘，商丘校区为本部，位置在商丘市北海路66号。
商丘工学院：
商丘工学院也是一所三本大学，学校始建于1994年，2011年4月经国家教育部批准，在原商丘科技职业学院基础上建立商丘工学院，实施全日制普通本科教育。位置在商丘市睢阳大道中段236号。
河南农业大学华豫学院：
华豫学院是河南农业大学与商丘市人民政府合作举办的独立学院，2011年修转为商丘学院。
综上所述，商丘市有三本大学，分别是商丘学院、商丘工学院和河南农业大学华豫学院。