国内三本院校的学生想要申请日本的研究生，确实有机会，但需要做好充分的准备。以下是一些关键点：
学历要求
只要满足16年的教育经历，即高中及本科教育，就可以申请日本研究生。
学校选择
日本的东北大学、京都大学、东京外国语大学等均为知名大学，对国际学生开放，并且有日语专业或相关研究科。
申请策略
优秀的语言成绩（如日语能力测试N1/N2）是必须的。
需要准备一套完整的申请材料，包括研究计划书、推荐信等。
个别学校可能对出身校和专业背景有额外考量，但并非绝对障碍。
实例说明
有学生如H同学，通过专业指导和自身努力，成功申请到了日本国立大学千叶大学的研究生。
另外，有数据显示，即使是双非背景的学生，也有机会进入日本的名校大学院，关键在于个人的综合能力和准备情况。
其他考虑
日本大学院录取时不仅看重学术背景，也考虑学生的个人特质和研究潜力。
相比国内考研，日本大学院可能更加人性化，允许学生展现自己的长处。
综上所述，虽然出身校和专业背景可能不是决定性因素，但良好的语言能力、充分的准备和展现个人优势是关键。如果你对日本大学院感兴趣，建议尽早开始准备，并关注目标院校的具体申请要求和流程。