政府对民办大学的管理主要通过以下几方面进行：
统筹规划、综合协调和宏观管理
国务院教育行政部门负责全国民办教育的统筹规划、综合协调和宏观管理工作。
省级教育行政部门的管理职责
省级教育行政部门主管本行政区域内的民办教育工作，具体职责包括：
办学许可证管理；
民办高校招生简章和广告备案的审查；
民办高校相关信息的发布；
民办高校的年度检查；
民办高校的表彰奖励；
民办高校违法违规行为的查处；
法律法规规定的其他职责。
相关部门的管理职责
财政、审计、工商、公安、民政、新闻等有关部门对民办高校的管理职责也在相关法规中有所规定。
行政监管和处罚
教育行政部门及有关部门对民办学校的管理与监督，目的是建立对民办学校的外部约束机制。对民办学校违反规定的行为，会依法进行处罚。
督导和评估
教育行政部门及有关部门依法对民办学校实行督导，建立民办学校信息公示和信用档案制度，促进提高办学质量。
组织或委托社会中介组织评估办学水平和教育质量，并将评估结果向社会公布。
分类管理和差别化扶持
国家决策部门致力于构建非营利性和营利性民办学校分类管理、差别化扶持的政策体系，以更好地满足教育的公益性属性和多样化需求。
简政放权、放管结合、优化服务
在管理上，政府通过简政放权、放管结合、优化服务，依法履职，规范办学秩序，全面提高民办教育治理水平。
鼓励改革和创新
政府依靠改革创新推动发展，坚持顶层设计与基层创新相结合，共同破解民办教育改革发展难题和障碍。
通过上述多方面的管理，政府旨在促进民办大学的健康发展，确保教育质量和社会效益。