南京三本大学搬走的原因主要可以归纳为以下几点：
适应双一流建设的要求
在“双一流”建设背景下，高校对于资源的需求更加强烈。资金和土地成为高校发展的关键资源，而“双一流”高校的光环也为其在异地办学提供了极大便利，包括免费的土地与硬件设施、资金支持等。
利用地方政府支持
地方政府希望与优质高校合作共赢，通过高校的外迁，可以带动地方经济的发展，提升城市形象和竞争力。异地办学往往能获得地方政府的支持和优惠政策。
寻求更广阔的发展空间
随着城市用地紧张，南京这些高校在市内的发展空间受限。通过异地搬迁，可以开辟新的校区，扩大办学规模，提升教育质量。
提升学校综合实力和高峰学科实力
在“双一流”建设“非终身制”的背景下，各高校需要不断提高自身的综合实力和高峰学科实力，而异地办学可以提供更多的资源和机会，助力学校实现这一目标。
综上所述，南京三本大学搬走主要是为了适应双一流建设的要求，利用地方政府的支持，以及在市内用地紧张的情况下寻求更广阔的发展空间。