三本大学确实可以发放自考毕业证。以下是相关信息：
自考本科毕业证书的颁发
如果自考的学生通过自考的全部科目，那么相应的大学就应当给学生颁发自考本科毕业证书。这种证书属于非全日制高等教育自考本科证书，与普通本科证书具有同样的效力，只是在企业认可度和含金量方面要比全日制的要低一些。
自学考试毕业证书的颁发机构
自考毕业证书由省考委颁发，并由主考学校进行副署。自2003年起，自学考试毕业证书由全国高等教育自学考试指导委员会统一制作，并可在中国高等教育学生信息网（http://www.chsi.com.cn）进行查询认证。
申请毕业的时间和流程
自考毕业证一年可以申请两次，一般申请时间在5月和11月。上半年毕业证书发放时间为7月中旬，下半年毕业证书发放时间为1月中旬左右。考生可以登录各省自考官网进行申请毕业，申请毕业需要自考办提交身份证、准考证、课程合格证、自考本科申请毕业需要提交国家认可的大专毕业证书。
申请毕业的条件
申请自考本科毕业证的前提是先申请毕业。一般来说，申请毕业后的一个月就可以发放。10月份是自考阶段的最后几门科目，只要考生通过所有考试，且完成其他课程要求，就可以申请毕业领取证书。
综上所述，三本大学可以发放自考毕业证，并且有明确的申请和发放流程。建议学生在申请毕业前仔细了解相关条件和流程，以确保顺利获得毕业证书。