三本大学的学费高低是否合法，主要 取决于其涨价是否经过了物价部门的审批。如果学校涨价已经得到了物价部门的批准，那么这种涨价是合法的，学生需要按照批准的标准支付学费。然而，如果学校未经物价部门审批就擅自提高学费，那么这种行为可能是违法的，学生有权向物价部门举报并维护自己的权益。
此外，虽然三本大学通常是民办大学，学费较高，但这并不一定违反高消费私立学校就读限制。法律并未明确规定民办三本大学的学费高低，而是关注学校是否违规收取费用。因此，学生在选择三本大学时，应注意学校是否遵守了相关法律法规，避免因未履行必要的手续而引发法律纠纷。
综上所述，三本大学学费的合法性主要取决于物价部门的审批情况。建议学生在缴纳学费前，仔细了解学校的收费标准和依据，确保自己的权益不受侵害。