东南大学被称为“福建三本”的原因主要可以归纳为以下几点：
校名相似：
福建有一个电视台叫做“东南卫视”，这导致很多人在听到“东南大学”这个名字时，会误以为它位于福建。
地理位置：
从地理方位上来看，“东南”一般指的是中国东南部的省份，包括江苏、浙江、安徽、江西和福建。由于东南卫视的存在，人们容易将“东南”与福建联系起来，而忽略了“东大”实际上位于江苏南京。
排名认知：
很多人知道福建的名校只有厦门大学和福州大学两所，并且当地人印象中也没有“东南大学”这所院校，于是很多人以为这一定是福建的某三本私立小学校，这个梗由此而来。
低调不宣传：
东南大学历来比较低调，很多人没有听过，不晓得这是一所985名校，所以“福建三本东南大学”就这么传开来了。
尽管东南大学实际上是一所实力极强的985高校，拥有双一流学科和老牌工科强校的称号，但由于上述原因，这个戏称“福建三本”仍在一定程度上被广泛传播和使用。