三本大学的毕业证上通常盖的是 独立学院的章。独立学院是贯彻落实教育部八号文件精神，近年来在我国高校领域诞生的新事物，其产生主要有国办院校结合企业资本联合举办、民办大学挂靠改制和国办大学独立兴建这三种方式。在毕业证上，三本院校通常会标注为“XX大学XX学院（分校）”，而公章则是独立学院的印章。虽然有些情况下，三本院校的毕业证上可能会加盖母体大学的章，但这并不常见，且通常会在毕业证上明确说明是在国际教育学院学习合格准予毕业，层次是专科。
因此，如果你是三本大学的学生，你的毕业证上应该盖的是该独立学院的印章。在求职过程中，企业通常更看重的是学校的牌子，而不是具体的批次，所以即使毕业证上盖的是三本院校的章，也不会对就业产生太大影响。