南京航空航天大学的专业学位涵盖了多个领域，包括工程力学、飞行器设计与工程、飞行器动力与工程、能源与动力工程、自动化、电气工程及其自动化、信息工程、机械工程、飞行器制造工程、材料科学与工程、交通运输、土木工程、工业工程、航空航天工程、计算机科学与技术等。此外，学校还提供硕士专业学位授权点，具体专业设置可能会随时间有所变动，建议以学校最新公布的数据为准。
专业学位硕士侧重于应用领域，主要为企业和相关单位培养应用型、复合型高层次技术和管理人才。课程设置应体现本领域的基础理论和专业知识，突出实践课程和专业实践。实践教学是全日制专业学位硕士研究生培养中的重要环节，要求专业学位硕士研究生到企业进行专业实践，可采用集中实践与分段实践相结合的方式。学位论文选题应来源于工程实际或具有明确的应用背景，由校内相应学科、专业点安排具有实践经验的研究生导师（校内导师）与企业推荐的业务水平高、责任心强的具有丰富经验的技术或管理人员担任联合指导教师（校外导师）联合指导（双导师指导）。
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