南通职业大学与以下大学有对口合作关系：
江苏理工学院，对应专业为汽车维修与检测，由交通工程学院负责。
扬州大学，对应专业为机械制造及自动化，由机械工程学院负责。
苏州大学，对应专业为计算机信息管理（委托）。
江南大学，对应专业为动画设计。
南京理工大学，对应专业为机电一体化（电气自动化）。
南京工业大学，对应专业为化学工程。
南京信息工程大学。
南京航空航天大学。
南京师范大学。
南京财经大学。
南京艺术学院。
建议学生在选择对口专业和学校时，详细了解各学校的办学特色和录取分数线，以便做出更为合适的选择。