火箭军工程大学的专业设置主要围绕战略导弹部队的指挥和技术需求，具体专业区别如下：
机械工程（导弹装备维修与管理）
该专业主要培养学员掌握导弹装备的维修与管理技能，涉及导弹武器系统的维护、故障诊断、性能测试等方面。
电子信息工程（导弹战斗部技术与管理）
该专业侧重于导弹战斗部的技术与管理，包括导弹的导航、制导、控制等电子系统的设计与应用。
土木工程（国防工程与指挥）
该专业培养学员在国防工程领域的设计与施工能力，涉及国防基础设施的建设、管理与维护。
武器发射工程
该专业主要研究导弹和其他武器系统的发射技术，包括发射装置的设计、发射过程的控制与管理等。
这些专业均旨在培养具备高度专业素养和实战能力的战略导弹部队人才，为中国的国防事业提供坚实的技术支持。