明清史研究所有以下大学：
北京大学
北京大学有清史研究所，并且明史方面也很强。
中国人民大学
中国人民大学有清史研究所，并且与黑龙江大学、苏州市、常熟市、常熟理工学院共建了研究院。
南开大学
南开大学有清史研究所，并且有几位导师也很不错。
辽宁大学
辽宁大学也有清史研究所。
南京大学
南京大学有专门的明清史研究院所。
中山大学
中山大学有专门的明清史研究院所。
中国社会科学院大学
中国社会科学院大学有明清史相关研究。
厦门大学
厦门大学有专门的明清史研究院所。
天津师范大学
天津师范大学成立了明清史研究中心。
东北师范大学
东北师范大学有明清史研究所，前身为历史系明清史研究室，由明清史专家李洵教授创建。
北京社会科学院
北京社会科学院有满学研究所。
这些大学在明清史研究方面都有较为显著的学术实力和研究成果。建议根据个人研究方向和兴趣选择合适的大学进行深入学习和研究。