郑州大学拥有众多科研机构，涵盖了不同的学科领域，以下是一些主要的科研机构：
1. 国家橡塑模具计算机辅助工程研究中心
2. 国家钙镁磷复合肥技术研究推广中心
3. 教育部重点实验室
4. 国家药品临床研究基地
5. 省级重点实验室（工程中心）
6. 省高校重点学科开放实验室
7. 河南省实验动物中心
8. 省部共建人文社科重点研究基地
9. 省重点社会科学研究基地
10. 省高校人文社会科学重点研究基地
此外，郑州大学农学院、中原网络安全研究院、郑州大学大别山学院、汉字文明传承传播与教育研究中心、生物多样性与生态学研究所、吞咽障碍研究所临床科研基地、河南先进技术研究院、医药科学研究院等也是重要的科研机构。
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