上海海事大学的王牌专业主要集中在海洋工程、轮机工程、物流管理、航运管理等领域。具体来说，以下专业拥有较高的排名和良好的口碑：
港口航道与海岸工程
船舶与海洋工程
航海技术
轮机工程
物流管理
航运管理
热能与动力工程
交通运输
交通工程
管理科学
工商管理
国际经济与贸易
会计学
电气工程及其自动化
机械电子工程
物流工程
自动化
电气工程与智能控制
此外，经济学类专业的设置也体现了学校的特色，包括：
经济学（海运与物流经济）
国际经济与贸易
金融学（海运金融）
这些专业在课程设置、就业前景等方面有所不同，建议学生在选择专业时根据自己的兴趣和职业规划进行综合考虑。