在中国高等教育体系中，有些大学因为历史原因、地理位置、政策调整等原因，经历了拆分、重组或未能进入某些重点大学建设项目（如211工程、985工程等），从而在某种程度上遭遇了发展的困境或被低估。以下是一些例子：
河南大学
历史上曾是国立第五中山大学，排名前十。
由于被分拆，实力大减，错失了211/985工程的评选。
2017年进入“双一流”大学行列，但追赶起来仍然费力。
山西大学
曾是全国最早的三所国立大学之一。
经历了拆分，部分院系分给了其他高校。
在211工程评选中未能入选。
兰州大学
被美国《科学》评为中国著名的十三所大学之一。
地处西北地区，自然条件和人文条件相对落后。
尽管学术成果显著，但声誉未能与地理位置相匹配。
中国农业大学
为中国农业做出了巨大贡献。
由于专业特点（农业），在公众认知中可能被低估。
西安交通大学
曾是工科强校，但远没有其上海交大兄弟的生源和经费支持。
面临与其他重点大学的竞争压力。
哈尔滨工程大学
原为哈尔滨工业大学的一部分，后独立成为哈尔滨工程大学。
面临被哈尔滨工业大学吞并的压力。
这些大学在各自的领域和地区内仍然享有一定的声誉和影响力，但由于各种原因，它们在教育资源分配、政策扶持等方面可能面临一些挑战。