南山区拥有多所知名大学校区，其中包括：
深圳大学：
位于南山区粤海门，拥有粤海和丽湖两个校区，提供综合性教育。
南方科技大学：
坐落在南山区西丽湖畔，是一所注重科学研究和创新教育的高等学府。
哈尔滨工业大学（深圳）：
位于南山区西丽大学城，以工科为主，强调工程实践和创新教育。
清华大学深圳研究生学院：
位于南山区，提供研究生层次的教育。
北京大学深圳研究生院：
同样位于南山区，为研究生提供教育。
深圳职业技术学院：
位于南山区，提供职业技术教育。
深圳信息技术学院：
由深圳市人民政府举办，提供信息技术相关专业教育。
天津大学佐治亚理工深圳学院：
位于南山区塘朗山片区，是一所中美合作的国际化高校。
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