发酵工程是生物工程的一个重要分支，主要研究利用微生物的特定代谢功能，通过工业规模的生产过程，将原料转化为有价值的产品。在大学中，发酵工程专业通常包含以下几个研究方向：
植物细胞工程及其植物次生代谢产物的发酵生产：
利用植物细胞培养技术生产药物、生物燃料等。
生物转化工程与分离工程：
研究如何通过微生物作用转化天然产物，并进行有效分离。
发酵工艺与生物反应过程的检测控制：
优化发酵工艺条件，并通过各种检测手段控制发酵过程。
现代发酵技术：
包括基因工程菌株的构建、发酵过程的优化等。
酶工程及应用：
研究和开发具有特定功能的酶及其在工业上的应用。
生物质综合利用：
利用微生物处理农业废弃物，生产生物燃料、生物肥料等。
环境生物技术：
利用微生物技术解决环境问题，如污水处理、废气处理等。
主干课程可能包括数理方法、数值分析、蛋白质化学、现代生化分离理论与技术、高等有机化学、发酵代谢与调控理论、细胞工程、环境生态材料、微生物发酵生理及遗传学、代谢工程、天然产物化学、生物化学等。
以上信息基于历史数据，具体课程设置和研究方向可能随时间和学科发展有所变化。建议直接咨询相关大学的生物工程学院或查阅最新的招生简章以获得最准确的信息