河海大学拥有多个基地，这些基地涵盖了不同的学科领域和合作形式，具体包括：
开放型实验基地
牛首山科技园（水利土木大型工程实验基地）
水利工程综合模型
水文气象综合实验场
力学与创新思维
涉外法治人才协同培养基地
与南京理工大学、南京师范大学等高校共建，强化涉外法治人才培养。
联合培养基地
与南瑞集团等合作，涉及电气工程、水利工程、电子与通信工程等。
法律援助劳动教育实践基地
在江苏省常州市金坛区河海西坊琢光青创空间建立，展示法律援助中心在劳动实践方面的成果。
国家大学生文化素质教育基地
与南京航空航天大学、南京师范大学、南京医科大学共建，提供文化素质教育。
社会学系-甬安产学研基地
开展产学研合作，探索优势互补、高质量发展的新路径。
优质生源基地与共建实训基地
与江苏省江阴市第一中学、江阴市业余体校合作，建立优质生源和实训基地。
其他基地
包括与企业和研究机构的合作建立的实验室、工程研究中心等，例如长江保护与绿色发展研究院等。
这些基地的建立旨在促进学术交流、实践教育、人才培养和科研成果的转化，为学生提供更多的实践和研究机会。