吉首大学设有多个院系，以下是部分院系列表：
1. 马克思主义学院
2. 商学院
3. 文学与新闻传播学院
4. 法学与公共管理学院
5. 美术学院
6. 物理与机电工程学院
7. 人文学院
8. 社会科学学院
9. 外国语学院
10. 体育科学学院
11. 数学与统计学院
12. 生命科学学院
13. 材料与化工学院
14. 机械与车辆工程学院
15. 资源与环境工程学院
16. 计算机与信息工程学院
17. 艺术与设计学院
18. 医学院
19. 护理学院
20. 师范学院
21. 历史与文化学院
22. 软件服务外包学院
23. 城乡资源与规划学院
24. 园林学院
25. 建筑学院
26. 生物资源与环境科学学院
27. 音乐舞蹈学院
28. 表演学院
29. 体育学院
30. 美术学院
31. 旅游与管理工程学院
32. 外国语学院
33. 土木工程与建筑学院
34. 软件学院
35. 民族预科教育学院
以上信息根据最新发布的数据整理而来，具体院系设置可能会有变动，请以学校官方最新公布的信息为准