喀什大学目前拥有多个硕士专业，具体如下：
一级学科硕士学位授权点
1. 中国语言文学
2. 教育学
3. 化学
4. 马克思主义理论
硕士专业学位授权点
1. 教育硕士
2. 生物与医药
3. 应用统计
自治区级重点学科
1. 中国语言文学（自治区高原学科）
2. 化学（自治区特别扶持学科）
3. 教育学（自治区特别扶持学科）
教育硕士招生专业（部分）
1. 教育管理
2. 学科教学（思政）
3. 学科教学（语文）
4. 学科教学（数学）
5. 学科教学（物理）
6. 学科教学（化学）
7. 学科教学（生物）
8. 学科教学（英语）
9. 学科教学（历史）
10. 学科教学（地理）
11. 学科教学（音乐）
12. 学科教学（体育）
13. 学科教学（美术）
14. 小学教育
15. 心理健康教育
16. 现代教育技术
17. 学前教育
以上信息根据最新的官方数据整理而来，具体专业设置可能会有变动，请以喀什大学官网公布的信息为准。