日本在食品科学领域有多所著名的大学，提供食品科学专业的院校包括但不限于：
东京大学
工学部/工学研究科—食品科学专攻
农学部和生命科学研究院设有食品科学相关专业和研究项目
京都大学
农学研究科中设有食品生物科学专攻
食品生命科学、食品健康科学、食品生产工学等讲座
大阪大学
食品科学专业
北海道大学
农学院—应用生物科学专攻
生命科学研究涉及食品营养、食品化学、食品微生物学等领域
名古屋大学
工学院和农学部在食品科学和工程领域进行前沿研究
早稻田大学
食品科学专业
御茶水女子大学
食品科学相关专业和研究项目
日本女子大学
食品科学相关专业和研究项目
申请这些大学的食品科学专业，通常要求日语水平至少达到二级以上，并且具备化学、生物学等专业知识基础。此外，有相关研究经验或成果的申请者在申请日本名校时会有较强的竞争力。