南京市内的本土大学包括以下几所：
南京大学
成立于1902年，其前身是三江师范学堂，后历经多个阶段，于1950年定名为南京大学。
东南大学
同样成立于1902年，前身为三江师范学堂，后成为国立中央大学，1952年院系调整后成为现在的东南大学。
南京航空航天大学
是南京市内著名的航空航天类高校。
南京理工大学
以理工科为主，是南京市内重要的理工类高校。
河海大学
以水利为特色，综合性强。
中国药科大学
以药学为主，是国内著名的药科大学。
南京师范大学
以师范教育为主，历史悠久。
南京农业大学
以农业和生命科学为特色。
南京工业大学
是南京市内重要的工科高校。
江南大学
以工学、管理学为主，综合性强。
江苏大学
以工科为主，是南京市内重要的工科高校。
南京信息工程大学
以大气科学、信息科学为主。
南京医科大学
以医学为主。
南京中医药大学
以中医药为主。
南京财经大学
以经济管理为主。
南京邮电大学
以信息科技为主。
南京审计大学
以审计为主。
南京工程学院
以工程为主。
南京艺术学院
以艺术为主。
南京大学金陵学院
是南京大学的分校。
中国人民解放军陆军工程大学
是中国军队的重要高校。
东南大学成贤学院
是东南大学的分校。
南京航空航天大学金城学院
是南京航空航天大学的分校。
这些大学在各自的领域都有较高的声誉和影响力，为南京市及江苏省乃至全国培养了大量优秀人才。建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的大学进行报考。