曼哈顿区内的著名大学包括：
哥伦比亚大学 （Columbia University）
常青藤盟校之一，世界顶尖的私立研究型大学。
学科包括法学、商学、工程等，位于曼哈顿上城区。
纽约大学 （New York University）
全球知名的高等教育机构，位于曼哈顿格林威治村。
叶史瓦大学 （Yeshiva University）
私立犹太学府，位于曼哈顿区，提供包括医学、法学在内的多个学科。
曼哈顿音乐学院 （Manhattan School of Music）
专注于音乐教育的私立学校，位于曼哈顿。
福特汉姆大学 （Fordham University）
私立研究型大学，主校区位于曼哈顿中城。
纽约市立大学城市学院 （The City College of New York）
纽约市立大学系统的一部分，位于曼哈顿。
库伯联盟学院 （The Cooper Union for the Advancement of Science and Art）
提供科学和艺术教育的私立学府。
圣约翰大学-曼哈顿校区 （St. John's University - Manhattan Campus）
私立大学，位于曼哈顿。
视觉艺术学院 （School of Visual Arts）
提供视觉艺术教育的私立学校。
茱莉亚音乐学院 （The Juilliard School）
著名的音乐学院，位于曼哈顿。
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