西湖大学作为一所新兴的民办高等教育机构，在办学过程中面临的主要难题包括：
生源选择问题
西湖大学以博士教育为起点，本科教育相对较新，需要改变公众对其作为民办高校低端办学的印象。
本科生选择大学和专业时更看重学校的“身份”，而民办高校身份可能影响部分学生和家长的选择。
专业选择与就业前景
西湖大学被批准招生的专业中包括生化环材等被普遍认为就业难度较大的专业，引发了对毕业生就业前景的担忧。
施一公院士鼓励学生在选择专业时考虑个人兴趣和长期发展，而不仅仅是短期的就业情况。
身份认同与信任建立
作为一所民办高校，需要建立公众对其教育质量和学术水平的信任。
需要通过有效的本科生导师制等措施，转变家长和学生对本科教育的看法。
资金与资源问题
尽管学费与公办学校相同，但民办高校在资金和资源方面可能面临更多挑战。
需要确保有足够的资源来支持教学和科研活动，特别是在本科教育方面。
管理与治理挑战
作为一所新型大学，需要在管理上取得突破，尤其是在治理结构和决策流程方面。
需要建立适应自身特点的治理模式，确保学校的稳定和持续发展。
以上是西湖大学在办学过程中面临的一些主要难题。