当前亳州市拥有以下高等教育机构：
亳州学院：
一所综合性全日制普通本科院校，提供多个学科的专业教育，包括文学、理学、工学、经济学、管理学、艺术学等。
安徽医科大学附属亳州医院：
集医疗、教学、科研等多功能为一体的三级甲等综合性医院。
安徽医药高等专科学校：
以中医药教育为主，同时设有护理、医学检验技术等医学相关专业的全日制普通高等学校。
亳州职业技术学院：
以培养高等技术应用型专门人才为主的全日制普通高等学校，专业涵盖工学、管理学、经济学、艺术学等领域。
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