南通大学最高的专业排名如下：
临床医学：
投档线为578分，推荐指数4.6（194人推荐），是国家级一流本科专业和国家级特色专业。
电气工程及其自动化：
投档线为557分，推荐指数4.6（103人推荐），是国家级一流本科专业和省级特色专业。
土木工程：
投档线为546分，推荐指数4.4（113人推荐），是省级一流本科专业。
机械工程及自动化：
投档线为554分，推荐指数4.5（105人推荐），是省级一流本科专业。
汉语言文学：
投档线为547分，推荐指数4.5（94人推荐），是国家级一流本科专业和省级特色专业。
以上排名根据南通大学各专业历年平均录取分数线综合而来，并考虑了近三年来的排名数据。需要注意的是，排名可能会随着时间和各种因素的变化而有所调整，请以最新公布的信息为准