当前三亚崖州科技城内的顶级大学包括：
海南大学：
海南省人民政府直属的综合性大学，覆盖多个学科门类。
三亚学院：
由海南省政府和三亚市政府共同举办的全日制普通本科院校，以应用型学科为主。
海南热带海洋学院：
以热带海洋学科为特色，培养高级专门人才。
海南医学院：
以医学教育和研究为主，培养医学、药学等领域的高级专门人才。
三亚航空旅游职业学院：
以航空旅游专业为主，培养技术应用型人才。
此外，还有与海南省政府签订省校合作协议的知名高校，如上海交通大学、中国农业大学、中国海洋大学等，这些合作进一步增强了崖州科技城的教育资源和科研能力