上海有以下大学设有地理系：
上海师范大学：
该校设有地理科学和城乡规划学院，以地理学和城市规划等学科为主要特色。上海师范大学地理学科在国内地理学界享有较高的学术声誉，在城市与区域规划、地理信息系统、环境变化与大气环境等领域有着广泛的科研合作。
东华大学：
城市规划学科始建于20世纪60年代，拥有完整的城市规划教育体系和广泛的政府和企业合作交流。
华东师范大学：
其地理科学学院前身地理系成立于1951年，是新中国成立后组建的第一个高校地理系。学院坚持“传承与创新”，以培养高素质地理学人才为目标。设有自然地理、人文地理、信息地理、地理教育4个教研室，拥有一流的教学和科研条件，师资力量雄厚，教育培养层次完整。华东师范大学是我国最早具有地理学一级学科博士授予权的单位之一，也是我国首批博士后流动站建站单位之一。2012年，地理学成为上海高校19个一流学科（A类）建设学科之一。2016年，地球科学进入全球ESI排名前1%行列。
复旦大学：
虽然具体信息未提及，但复旦大学作为一所顶级综合性大学，通常也会提供包括地理科学在内的多样化专业。
上海交通大学：
虽然具体信息未提及，但上海交通大学作为一所顶级综合性大学，通常也会提供包括地理科学在内的多样化专业。
综上所述，上海设有地理系的高校包括上海师范大学、东华大学、华东师范大学、复旦大学和上海交通大学。