南京航空航天大学的王牌专业主要包括：
1. 航空航天工程
2. 机械工程
3. 电子信息工程
4. 材料科学与工程
5. 自动化
6. 计算机科学与技术
7. 能源与动力工程
8. 飞行器设计与工程
9. 飞行器动力工程
10. 工程力学
11. 信息工程
12. 探测制导与控制技术
13. 车辆工程
14. 飞行器制造工程
15. 电气工程及其自动化
16. 应用化学
17. 辐射防护与核安全
18. 飞行器适航技术
19. 飞行器控制与信息工程
20. 工商管理
21. 会计学
22. 物联网工程
23. 建筑环境与能源应用工程
24. 机器人工程
25. 新能源材料与器件
26. 应用物理学
27. 英语（民航业务）
28. 飞行技术
29. 广播电视学
30. 工业设计
31. 测控技术与仪器
32. 信息管理与信息系统
33. 工业工程类
34. 广播电视学
35. 英语（民航业务）
36. 飞行技术
37. 广播电视学
38. 工商管理
39. 会计学
40. 能源与动力工程
这些专业在国内及全球均享有较高的声誉，并在各自的领域内有着深厚的学术基础和广泛的应用前景。