南京工程学院的优势专业包括：
国家级一流本科专业
机械设计制造及其自动化
电气工程及其自动化
产品设计
机械电子工程
材料科学与工程
能源与动力工程
电子信息工程
市场营销
信息管理与信息系统
材料成型及控制工程
自动化
国家级特色专业
自动化
热能与动力工程
电气工程及其自动化
教育部卓越工程师教育培养计划专业
机械设计制造及其自动化
材料成型及控制工程
热能与动力工程
电气工程及其自动化
计算机科学与技术
自动化
省级重点建设学科
机械设计制造及其自动化
热能工程
检测技术与自动化装置
电力工程及其自动化
软件工程
结合以上信息，可以得出以下建议：
电气工程及其自动化：该专业是南京工程学院的王牌专业，也是国家级特色专业和教育部卓越工程师教育培养计划专业，录取分数线在江苏省内较高，但专业实力雄厚，就业前景广阔。
机械设计制造及其自动化：同样是国家级一流本科专业和省级重点建设学科，专业实力强，就业前景好。
自动化：国家级特色专业和教育部卓越工程师教育培养计划专业，专业热门，就业前景广阔。
材料科学与工程：国家级一流本科专业和省级重点建设学科，专业实力强，适用于材料加工及设计等领域。
能源与动力工程：国家级一流本科专业，专业实力强，适用于能源相关领域。
建议根据个人兴趣和职业规划选择适合的专业。如果对电力、自动化、机械等领域有浓厚兴趣，南京工程学院的相关专业都是非常好的选择。