日本大学排名较低的原因可以归纳为以下几点：
规模较小：
日本大学的师生人数相对较少，导致每年发表的论文数量不足。
国际化不足：
日本大学在国际化方面动力不足，国际教师和学生的比例较低，影响了排名。
研究能力下降：
与日本海外大学相比，日本大学在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面存在资金和财政上的差距。
资金不足：
日本国家教育预算占GDP的比例较低，影响了大学的科研经费投入和基础设施建设。
排名指标局限：
一些国际排名规则可能不合理，例如过分侧重于理科论文或英文论文，这对人文社科类专业较多的日本大学不利。
教育体系和学术研究环境：
日本的教育体系和学术研究环境相对保守，缺乏国际化水平。
就业环境：
日本文科名校在日本被称为就职大学，人文科学生更倾向于本科毕业就工作，对学术兴趣不大。
论文语言：
日本大学的论文多以日语撰写，而非国际通用的英文，这在国际化评分中可能处于不利地位。
综合性不足：
世界排名靠前的大学通常是综合性大学，而日本的部分顶尖大学如早稻田大学和庆应义塾大学等更偏重于文科，可能在综合性评分上不如其他综合性大学。
经费和财政问题：
日本经济增长缓慢，政府对教育投入减少，影响了大学的研究和运营。
这些因素综合作用，导致日本大学在国际排名中普遍表现不佳