截至2024年，复旦大学隶属的机构包括以下几类：
直属院（系）
复旦大学东方管理研究院
复旦学院（本科生院）
复旦大学上海医学院
复旦大学研究生院
多个直属院（系），如中国语言文学系、外国语言文学学院、新闻学院、历史学系、文物与博物馆学系、哲学学院、国际关系与公共事务学院、法学院、经济学院、管理学院等
二级直属学院
马克思主义学院
附属医院
复旦大学附属肿瘤医院
多个附属医院，如华山医院、肿瘤医院、妇产科医院、儿科医院、眼耳鼻喉科医院、金山医院、上海市第五人民医院、上海市公共卫生临床中心等
其他机构
复旦大学党委下属二级党组织
这些机构构成了复旦大学的主要隶属结构，涵盖了教学、科研、医疗等多个方面。