截至2024年，集美大学设有多个学院，涵盖了工、理、文、经、管、法、教育、艺术等八大学科门类，具体专业设置如下：
经济学 财政学
金融学
国际经济与贸易
法学
社会工作
汉语言文学
英语
日语
翻译
航海技术
交通运输
物流管理
微电子科学与工程
轮机工程
船舶与海洋工程
电气工程及其自动化
船舶电子电气工程
水产养殖学
海洋渔业科学与技术
水生动物医学
动物科学
动植物检疫
食品科学与工程
生物工程
环境工程
新闻学
传播学
历史学
考古学
31. 中国史
32. 世界史
33. 理学
34. 物理学
35. 化学
36. 天文学
37. 地理学
38. 大气科学
39. 海洋科学
40. 地球物理学
41. 地质学
42. 生物学
43. 系统科学
44. 科学技术史
45. 生态学
46. 计算机科学与技术
47. 软件工程
48. 网络工程
49. 信息管理与信息系统
50. 机械设计制造及其自动化
51. 材料科学与工程
52. 冶金工程
53. 动力工程及工程热物理
54. 电气工程
55. 电子科学与技术
56. 建筑学
57. 土木工程
58. 水利工程
59. 测绘科学与技术
60. 化学工程与技术
61. 地质资源与地质工程
62. 矿业工程
63. 石油与天然气工程
64. 纺织科学与工程
65. 轻工技术与工程
66. 农业工程
67. 农学
68. 作物学
69. 林业工程
70. 环境科学与工程
71. 生物医学工程
72. 城乡规划学
73. 风景园林学
74. 软件工程
75. 生物工程
76. 安全科学与工程
77. 园艺学
78. 农业资源与环境
79. 植物保护
80. 畜牧学
81. 兽医学
82. 林学
83. 水产
84. 草学
85. 管理学
86. 管理科学与工程
87. 工商管理
88. 农林经济管理
89. 公共管理
90. 图书情报与档案管理
91. 艺术学
92. 音乐与舞蹈学
93. 戏剧与影视学
94. 美术学
95. 设计学
96. 医学
97. 基础医学
98. 临床医学
99. 口腔医学
100. 公共卫生与预防医学
101. 中医学
102. 中西医结合
103. 药学
104. 中药学
105. 特种医学
106. 医学技术
107. 护理学
108. 小学教育
109. 学前教育
110. 教育技术学
111. 船员培训中心
112. 电影学院
建议：
文科专业： 国际经济与贸易、财政学、金融学、法学、汉语言文学、英语、日语、翻译等。 理科专业
王牌专业：航海