水利监理工程师的注销程序如下：
准备材料
身份证原件及复印件
监理工程师证书原件及复印件
监理工程师执业印章
注销申请表
填写注销申请表
填写个人信息
注销原因等内容
在申请表上签字
提交注销申请
携带准备好的材料，前往当地水利部门进行注销申请
通过水利部政务服务平台进行网上申报
审核
工作人员会对申请材料进行审核，如无问题，会安排注销手续
水利部根据国家有关规定对申请材料进行审查，并在审查通过后出具准予注销行政许可决定书
注销
工作人员会收回监理工程师证书及执业印章，并将注销信息录入系统
相关部门会签署注销证明，并将证明交给申请人
领取注销证明
注销手续完成后，工作人员会出具注销证明，监理工程师需要前往领取
建议：
建议提前准备好所有相关材料，确保材料的真实性和完整性。
如果选择通过网上办理，要确保在水利部政务服务平台上正确提交所有信息，并留意办理进度和反馈。
如有特殊情况或需要加急处理，建议及时与当地水利部门联系以获取具体指导和帮助。