隧道监理工程师的工作指令通常包括以下几个方面：
审查文件和授权
审查安全计划、施工方案、专项技术方案等文件，确保它们得到充分授权和批准。
监督和检查
定期对施工质量和工期进行检查和评估，并提出建议和指导意见，以促进隧道建设的优化。
监督施工现场的安全和文明施工，检查承包人安全施工措施的实施情况，发现安全隐患及时提出整改意见。
信息沟通和协调
与相关单位和部门建立紧密联系，建立高效率的信息沟通和工作协调机制。
及时反馈现场情况，持续优化有关部门的效率。
协作和支持
发挥协作和资讯的优势，协助工程师制订施工组织设计和施工计划，为工程质量和进度提供支持。
参与隧道塌方、涌水等事件的抢险处理，提出合理建议，降低风险和损失。
记录和报告
注重记录工程进展，及时记录旁站记录，逐日签审。
收集、汇编安全质量工作信息，并及时向有关各方传递和反馈。
应急处理
对明洞浇筑、明洞防水层、明洞回填、洞身开挖、喷射等关键工序进行严格监督，确保施工质量和安全。
在施工过程中，如果发现瓦斯超限等异常情况，应立即通知施工单位停止施工并撤到地面，确保自身安全。
初验和整改
组织施工方对本工程的工程初验，对初验过程中提出的整改项目，下达监理指令单，督促施工方进行整改。
这些指令旨在确保隧道工程的安全、质量和进度，同时促进相关单位和部门之间的有效协作。通过严格执行这些指令，监理工程师可以有效地履行其职责，确保隧道工程的顺利进行。