监理工程师的工资扣除主要包括以下几个方面：
社会保险费用
监理工程师在工作期间需要缴纳社会保险，包括养老保险、医疗保险、失业保险等。
这些保险费用是必须按照国家标准进行扣除的，如果公司没有按照规定为员工缴纳社会保险，员工可以向劳动监察部门投诉举报。
个人所得税
工资、劳务报酬以及经营所得需要缴纳个人所得税。
个人所得税的计算根据工资收入水平、子女教育等因素进行，具体税率如下：
应纳税所得额在3500元至12000元之间的，适用税率为10%。
应纳税所得额在12000元至25000元之间的，适用税率为20%。
应纳税所得额在25000元至35000元之间的，适用税率为25%。
应纳税所得额超过35000元的，适用税率为30%。
个人清理费
监理工程师在计算工资时需要扣除个人清理费，通常按每月工资的0.2%至1.0%进行缴纳。
这项费用用于保证公司基础运营正常运作所需的成本，通常在工资发放时从工资总额中扣除。
专项扣除
根据人社部最新发布的《国家职业资格目录》，监理工程师被纳入专业技术人员准入类，可以享受3600元的专项扣除。
专项扣除适用于取得相关证书的当年，一次性定额扣除，用于个人所得税的预扣预缴。
建议
监理工程师应确保公司按时足额缴纳社会保险费用，以维护自身权益。
在计算个人所得税时，应仔细了解并遵守相关税收政策，确保合法合规。
对于专项扣除，应注意证书批准日期，以确保在有效期内享受相应的扣除优惠。