二级建造师的管理组织方式主要包括以下几种：
直线式组织结构
这是最简单的组织结构形式，各种职位按直线垂直排列，项目经理直接进行单线垂直领导。
职能式组织结构
各管理层设置职能部门，各职能部门分别从其业务职能角度对下级执行者进行业务管理。各级领导不直接指挥下级，而是指挥职能部门。职能部门的指令，必须经过同层级领导的批准才能下达。
直线职能式组织结构
结合了直线式组织结构和职能式组织结构的优点。在各管理层设置职能部门，但职能部门只作为相应层级领导的参谋，在其所管辖业务范围内实施管理，不直接指挥下级。各管理层级之间按直线式组织结构原理构成直接上下级关系。
矩阵式组织结构
以工程项目为对象设置，各项目管理机构的管理人员从各职能部门临时抽调，归项目经理统一管理。这种组织结构具有较大的机动性和灵活性，但组织机构经常变动，稳定型差，且存在双重领导。
这些组织结构形式各有优缺点，适用于不同的施工项目规模、专业特点、地理位置及施工单位内部管理模式等因素。在实际应用中，施工单位可以根据具体情况选择合适的组织结构形式，以确保项目管理的高效和顺畅。