监理工程师证书的注册需要在以下网站进行：
住建部网站办事大厅：
申请人进入中华人民共和国住房和城乡建设部网站办事大厅栏目，选择人员行政许可事项的监理工程师执业资格注册进行在线申报。通过监理企业、建造业企业、工程招标代理机构资质身份加密锁登录《注册监理工程师注册管理信息系统》，填写、打印《中华人民共和国注册监理工程师初始注册申请表》，并上传生成数据电子文档。
交通部网站：
交通运输部职业资格中心负责交通运输工程监理工程师的注册工作，申请人需要在交通职业资格网（www.jtzyzg.org.cn）上进行注册申请、受理和审核。
水利部网站：
水利部负责水利工程专业的监理工程师证书注册工作，具体注册流程未在提供的信息中详细说明，但通常也会通过相应的官方网站进行。
建议选择与所从事监理工程类型相对应的网站进行注册，以确保注册过程顺畅。