通过中介注册二级建造师证书的过程如下：
选择中介机构
资质查询：首先，应确认中介公司是否具备合法的经营资质和良好的市场信誉。可以通过访问当地工商管理局或相关行业管理部门的官方网站进行查询。
服务内容：了解中介提供的服务内容，包括注册流程、所需材料、费用以及售后服务等，确保中介能够满足自己的需求。
签订合同
合同条款：在选择中介机构后，应仔细阅读合同条款，注意注册期限、服务内容、费用、违约责任等，确保合同内容清晰、合法。
准备注册材料
个人材料：包括二级建造师资格证书、身份证明、专业技能鉴定证书等。
企业材料：如果需要将证书注册到企业，还需提供企业的相关资质证明、营业执照等。
提交注册申请
材料提交：将准备好的材料提交给当地建设行政主管部门或其指定的注册机构。
进度跟进：保持与中介的沟通，了解注册进度和具体情况，确保材料齐全、信息一致。
审核与领证
审核过程：注册机构对提交的材料进行审核，审核通过后会在规定时间内通知申请人。
领证：审核通过后，申请人需到指定地点领取注册证书和执业印章。
后续服务
继续教育：根据相关规定，二级建造师需要定期参加继续教育以保持其资质的有效性。中介应提供继续教育的资讯，并协助安排相关的培训课程。
合同续签：如果需要继续服务，应及时与中介联系，续签合同并确认注册有效期。
注销手续
注销申请：如果需要将证书从原单位注销并注册到新单位，应与中介沟通，了解注销流程并提供必要的协助。
通过以上步骤，可以顺利完成二级建造师证书通过中介的注册过程。在整个过程中，保持与中介的沟通，确保每一步操作都符合法律法规和行业规定，以保障自身权益。