监理工程师离职后，其注册证书是否会被扣押， 取决于具体情况。以下是相关法律规定及建议：
单位无权扣押证件
根据《劳动合同法》第九条规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
协商解决
若已正式离职且原工作单位扣押了证件，首先应尝试与原工作单位协商解决。如果存在经济纠纷，应明确经济纠纷的范围和解决方式；如果不存在经济纠纷且无理由扣押，可向省建设监理协会提出申请，由省建设监理协会调解解决。
法律途径
如果原工作单位无理由扣押证件，且协商无果，可以向当地劳动监察部门或建设行政主管部门投诉，或寻求法律援助，甚至可以通过法律途径起诉要求单位返还证件。
证书所有权
监理工程师的注册证书是个人资格证书，属于个人所有，辞职并不影响证书的所有权和使用权。即使辞职，注册证也应该妥善保管，以备日后需求。
证据保留
监理工程师在离职前应确保所有工作均符合公司要求，并保留相关证据和记录，以便在需要时进行维权。
建议
先沟通：首先尝试与原单位沟通，了解扣押证件的具体原因。
保留证据：确保所有与证件扣押相关的证据（如承诺书、工资条、工作记录等）得到妥善保存。
寻求专业帮助：如果沟通无果，建议咨询专业律师或相关行业协会，获取更具体的法律建议和支持。
通过以上步骤，监理工程师可以更有效地维护自己的合法权益，确保注册证书能够顺利交接和使用。