监理工程师的最终结算方式通常包括以下几种：
预付款支付
监理人进驻工地后，委托人预付合同报酬的10%作为预付款，预付款在已付报酬达到合同总额的50%后按进度分两次扣回。
按季度支付
工程开工后，按季度支付，支付金额按照“工程季度产值 × （合同报酬总值 / 概算总值） × 85%”的公式计算。
竣工结算
工程竣工验收报告经发包人认可后28天内，承包人向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料。双方按照协议书约定的合同价款及专用条款约定的合同价款调整内容，进行工程竣工结算。监理工程师参与审核承包人报送的竣工结算报表，总监理工程师审定竣工结算报表，并与发包人、承包人协商一致后，签发竣工结算文件和最终的工程款支付证书。
分段结算
对于当年开工、当年不能竣工的工程，按照工程形象进度划分不同阶段，支付工程进度款。分段结算应明确具体的工程分段划分，付款周期应与计量周期一致。
按月结算与支付
对于合同工期在两个年度以上的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。此外，也可以按月预支工程款，在施工过程中按月结算工程进度款，竣工后进行竣工结算。
其他结算方式
结算双方还可以约定其他结算方式，如按完成工程量百分比支付等。
建议在实际工程中，监理工程师和业主应根据工程的具体情况选择合适的结算方式，并在合同中明确约定，以确保双方权益。