当二级建造师不配合注销时，可以采取以下步骤和措施：
提供解除劳动关系的证明材料
根据《注册建造师执业管理办法》（建市48号）第十九条规定，注册建造师在申请注销注册时，必须提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料，如离职证明、劳动仲裁书或法院判决书等。
申诉解除劳动关系
如果企业拒绝提供解除劳动关系的证明材料，个人可以向企业所在地的劳动仲裁部门或法院申诉，以维护自身权益。维权部门将出具解除劳动关系的证明材料。
通过注册系统申诉
注册建造师可以通过注册系统的“维权申诉”栏目申诉，并上传与注册单位解除劳动关系的有效证明材料。例如，在福建省，可以通过“福建省建设执业资格注册管理系统”个人端进行申诉。
邮寄有效证明材料
个人可以向原聘用企业邮寄离职证明、劳动仲裁书或司法判决书等双方解除劳动关系的有效证明材料，以确保企业收到并处理这些材料。
申请强制注销
如果企业仍然不配合办理注销手续，二级建造师可以向省级建设行政主管部门申请强制注销。强制注销不需要重新考取证书，但注销证书后需要重新考取。
跨企业注销注册
在某些情况下，二级建造师可以通过四川政务服务网提出跨企业注销注册申请，上传解除劳动合同协议书或劳动仲裁或司法判决等材料，符合注销注册条件的，省住建厅将按规定程序将二级建造师注册证书注销。
建议：
在采取上述措施时，建议注册建造师保持沟通，收集并整理好所有相关证据材料，以便在需要时能够迅速有效地进行申诉和注销手续。
如果企业存在违法行为，可以向当地建设行政主管部门或法律机构寻求帮助，以确保自身权益得到保障。