消防工程师的备案证件应当在聘用单位所在地的公安机关消防机构进行。具体流程如下：
取得资格证书并受聘
取得一级或二级注册消防工程师资格证书的人员，应受聘于一个经批准的消防技术服务机构或者消防安全重点单位。
提交注册申请材料
通过聘用单位向本单位所在地的公安机关消防机构提交注册申请材料。一级注册消防工程师资格的注册审批部门为公安部消防局，二级注册消防工程师资格的注册审批部门为省、自治区、直辖市公安机关消防机构。
审核与注册
省、自治区、直辖市公安机关消防机构在收到申请人的注册申请材料后，会对材料进行审核。如果申请材料不齐全或不符合法定形式，公安机关消防机构会告知申请人需要补正的全部内容。审核通过后，公安机关消防机构会为申请人办理注册手续，发放注册证。
因此，消防工程师的备案证件主要涉及以下部门：公安部消防局、省、自治区、直辖市公安机关消防机构。申请人需按照规定流程提交相关材料，耐心等待审核，审核通过后即可完成证件备案。