如果您在离职后被扣除了二级建造师证书，您可以采取以下步骤来解决问题：
了解情况
确认您与公司之间的劳动合同是否有相关条款涉及到离职后证件的归还事宜。根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳动者离职后，企业应依法办理相关手续，包括归还工作期间由劳动者持有的相关证件。
沟通协商
如果您的证书被恶意扣押，首先应与企业进行沟通，要求对方归还您的二级建造师证书。在沟通时，保持冷静和专业，尽量用平和的方式表达您的诉求。
法律途径
如果沟通未果，您可以采取以下法律途径：
向企业注册地或您所在地的劳动监察大队投诉，请求其介入调查。
咨询专业律师，根据《劳动合同法》和《物权法》等相关法律法规，向人民法院提起诉讼，要求企业归还证书。
保存证据
在整个过程中，请确保保存好所有与该事件相关的证据，包括但不限于劳动合同、沟通记录、投诉记录等，以备不时之需。
申请挂靠
在解决证件归还问题之前，为了避免影响您的收入，您可以考虑将二级建造师证挂靠在其他单位。
变更注册
如果您的建造师证书还没有注册到单位，可以到发证处申报丢失重办，那么以往的证便可作废。
法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条和第八十四条，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，否则由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
投诉与举报
您可以向当地建设行政主管部门投诉或寻求法律帮助，维护自己的合法权益。
通过以上步骤，您应该能够采取合适的法律手段来追回您的二级建造师证书。如果问题仍然无法解决，建议您咨询专业的劳动法律师，获取更具体的法律建议和帮助。