二级建造师预付款抵扣是指甲方在支付给乙方的工程款中，逐步扣回之前支付的预付款。具体的抵扣方式如下：
等比率或等额扣款
当承包人完成的工程金额累计达到合同总价的一定比例（双方合同约定）后，甲方开始分期抵扣预付款。这个比例和扣款方式通常在合同中明确约定。
主要材料及构件价值抵扣
从未施工工程所需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时开始扣起，直至竣工之前全部扣清。
起扣点的计算
工程预付款的起扣点可以通过公式 T = P - M / N 计算，其中 T 是起扣点，P 是承包工程合同总额，M 是工程预付款数额，N 是主要材料及构件所占比重。
预付款保函
预付款抵扣过程中，乙方需要出具保函，以确保预付款的安全。随着预付款的逐步扣回，保函的金额也会相应减少，直至预付款全部扣清后，甲方退还保函。
预付款扣回时间
预付款的扣回通常与工程进度款同期结算抵扣，按照合同约定的时间和比例进行扣回。
示例
假设一个合同额为1000万元的工程，预付款为300万元。
起扣点：T = 1000万 - 300万 / 0.5 = 2000万元
第一次扣款：当承包人完成2000万元的工程后，甲方开始扣回预付款，首次扣款金额为300万 / 2 = 150万元
后续扣款：每次扣款金额为剩余预付款金额的一半，直到预付款全部扣清
通过以上步骤，甲方可以逐步扣回预付款，同时确保工程进度和资金管理的顺利进行。