处理二级建造师证书被扣的问题，您可以按照以下步骤进行：
了解原因
确认证书被扣的具体原因，可能包括违反法规、挂靠行为、工程质量问题等。
联系相关部门
及时联系扣证单位或住房和城乡建设部门，了解具体情况。
提供证明材料
根据扣证原因，准备相应的证明材料，如解除挂靠关系的证明、补学继续教育的证明等。
提交申请
向扣证单位或相关部门提交恢复证书的申请，并提供必要的申请材料。
等待审核
耐心等待扣证单位或相关部门的审核，并根据需要补充材料。
领取证书
审核通过后，按照通知领取恢复的二建证书。
如果通过以上步骤仍无法解决问题，您可以考虑采取以下法律途径：
向法院起诉要求公司返还证书。
向当地的人力资源和社会保障局劳动执法大队或劳动仲裁庭提出劳动仲裁申请。
向建设厅或劳动监察部门反映或投诉。
请双方熟悉的人士出面调解。
请注意，以上步骤和措施应结合实际情况灵活处理，并遵守相关法律法规。