监理工程师的注册部门

监理工程师的注册部门主要是 国务院建设主管部门。具体注册流程包括：

1. 申请人需登录中国工程建设信息网或者中华人民共和国建设部网站，填写并打印《申请注册监理工程师初始注册申请表》。

2. 将申请材料和初审意见报国务院建设主管部门，等待申请结果通知。

此外，监理工程师的注册还涉及职业资格认证机构，该机构负责审批监理工程师的注册申请，并对监理工程师的从业能力进行认证评估。

综上所述，监理工程师的注册主要由国务院建设主管部门负责，同时职业资格认证机构也参与其中。